二手房交易补充协议是有法律效力的，补充协议是买卖双方在使用商品房买卖合同范本签约时，对双方各自关心的条款内容做出的修改或增加，是用以明确双方权利义务的条款或协议。在签定补充协议时，要注意辨别文字游戏，防止开发商推脱责任，比如合同约定了违约金比例，但补充协议里开发商又约定不能超过某个比例，这样违约到了某个时间就不用支付违约金了。

签订二手房购房补充协议的注意事项

1、购房补充协议应标注详细的房屋信息。主合同对于住宅的信息的描述只是一个大概的状况，而补充协议则是对房屋细节状况的一个补充描述。例如，关于房屋的排水的情况，或者是水电费的缴纳情况等。

2、购房补充协议应规定具体缴费和过户的流程。补充协议中应该明确规定买卖双方的具体的交易的流程，如果买方是贷款购房，就应该明确买方应该在什么时候缴纳首付款，贷款的时间大概是多长，什么时候缴纳尾款。而业主则在什么时候办理过户手续等。对于这些环节的先后顺序应该有明确的规定。

3、明确缴纳各种费用的具体金额。在购房补充协议中，要明确交易过程中各种费用的缴纳的具体金额。首先买卖双方应该明确各自应该缴纳的费用。在二手房的交易过程中有很多的费用需要缴纳，例如营业税、契税、印花税、土地增值税、个人所得税以及经纪服务费、过户费等。这些费用有的需要购房者来缴纳，有的需要业主来缴纳，在补充合同中应该具体明确双方的责任。其次购房者应该明确自己首付款、尾款具体的缴纳金额。

4、要明确违约的责任人。在二手房购房的过程中，可能由于很多的因素，使得交易不能够顺利地完成。而很多纠纷的产生就是由于违约责任人不明确，双方互相推脱导致。