1、性质不同：

共有产权房是地方政府让渡部分土地出让收益，然后低价配售给符合条件的保障对象家庭所建的房屋。经济适用房是指根据国家经济适用住房建设计划安排建设的住宅。

2、方式不同：

共有产权房保障对象与地方政府签订合同，约定双方的产权份额以及保障房将来上市交易的条件和所得价款的分配份额。即中低收入住房困难家庭购房时，可按个人与政府的出资比例，共同拥有房屋产权。

经济适用房由国家统一下达计划，用地一般实行行政划拨的方式，免收土地出让金，对各种经批准的收费实行减半征收，出售价格实行政府指导价，按保本微利的原则确定。

3、特点不同：

经济适用房相对于商品房具有三个显著特征：经济性、保障性、实用性。是具有社会保障性质的商品住宅。共有产权房作为经济适用房的变异形式，其显著特点在于价格形成机制。共有产权房用地性质由划拨改为出让，并完全按照商品房进行开发，且销售价格计算也等同于商品房。

经济适用房的缺点有哪些

1、建造廉价房由政府出面组织，效率低下。如果政府直接出面，违背市场经济中专业分工原则。即使间接出面，中间承接的发展商不以经济效益为考核，难以达到社会资源的优配置。

2、廉价房以售为主，缺乏退出机制，这是一个根本缺陷。因为买廉价房的时候是穷人，不代表将来是穷人，一辈子是穷人，收入改善后还不退出，一直占用政府补贴的住房，对其他穷人不公平。

3、由于廉价房没有效益激励，一些政府往往只关心提供了多少套房子的目标考核，而很少真正为居住者考虑居住需要。我国的经济适用房政策，国家采用减免土地出让金和相关税费的方式，责令开发商限价出售给中低收入城市居民。