公积金贷款会自动扣款，和商业贷款一样公积金贷款也是自动扣款的，同样的账户余额要大于还款额度，不然会导致还款失败，只要主贷人公积金帐户，辅贷人公积金帐户，还款卡三个账户中任意一个余额够还款即可。

公积金贷款和商业贷款的区别

1、贷款范围不同

公积金贷款除了商住房屋外，其他类型的房屋不可以申请。商业贷款的房屋类型较为宽松，除了住宅之外，商住两用的房产也可以申请商贷。

2、贷款性质不同

公积金贷款是政策性的贷款，不以盈利为目的。商业贷款是商业银行发放的贷款，其贷款利率要高于公积金贷款并以此获利。

3、贷款利率不同

公积金5年以上的利率是3.25%，而商贷5年以上的利率是4.9%。

4、贷款额度不停

公积金贷款额度每个城市都设置有上限，而商业贷款则没有明确的上限规定。

5、审批时间不同

公积金贷款大约需要40个工作日的时间，而商业贷款只需要20个工作日的时间。

6、适用人群不同

公积金贷款必须是缴纳公积金的人才可以申请，而商业贷款则是面对社会公众开放申请的。

申请住房公积金贷款需要什么条件

1、具有本市城镇常住户口或有效居住证;

2、申请前连续缴存住房公积金半年以上，累计缴存公积金的时间不少于2年;

3、自筹资金达到所购住房总价的30%以上(含30%);

4、具有稳定的职业和稳定的收入来源，有偿还贷款本息的能力;

5、签定了购买住房的合同或协议;

6、符合委托人和受托人规定的其他条件。