能。证件齐全的自建房是可以分层办理房产证的。需要办理如下手续：

1、先由当事人持《国有土地使用证》、《建设工程规划许可证》、身份证明等相关有效证件办理初始产权登记。

2、初始产权登记后,房管部门工作人员会上门进行房屋确认，当事人凭权属证书及公证文书等相关证件办理变更登记。

3、房管部门工作人员进行现场勘查，了解分层实际情况并进行相关的面积登记。只要该栋楼的楼梯等相关设施不影响办证双方住户的日常生活情况，则可以成功分层办理相应的房产证;反之，则不可以办理，但变更后的双方可以共同办理一张房产证，共同享有房屋所有权。

农村自建房如何办理房产证?

申请人应当向房屋所在地的房屋登记机构提出申请，并提交申请登记材料即可。

依据《房屋登记办法》第十一条规定：申请房屋登记，申请人应当向房屋所在地的房屋登记机构提出申请，并提交申请登记材料。申请登记材料应当提供原件。不能提供原件的，应当提交经有关机关确认与原件一致的复印件。

申请人应当对申请登记材料的真实性、合法性、有效性负责，不得隐瞒真实情况或者提供虚假材料申请房屋登记。申请人提交的申请登记材料齐全且符合法定形式的，应当予以受理，并出具书面凭证。申请人提交的申请登记材料不齐全或者不符合法定形式的，应当不予受理，并告知申请人需要补正的内容。

自建房房产证常识

所谓自建房，就是自己所建的房屋也称为宅基地住宅，一般由乡政府颁发的是乡镇产权，只能居住，不能买卖。因此自建房不属于商品房，更不属于经济适用房。自建房没有产权证，只有《宅基地使用证》。

宅基地使用证用于农村，不属于权证，但却是能证明谁是房产主人的证据。因为农村多半是集体的土地，集体组织成员需要建房，就必须办理宅基证，但是因为农村土地权归集体，因此个人对土地并没有权，即便是批准建房，也仅有使用权而已，因此农村居民没有房产证仅有宅基地使用权证，意即仅有使用权没有权。

房产证是城市居民拥有房屋产权的凭证，根据《物权法》规定，房产证上是房屋产权人的合法凭证。在城市建房，首先要获得许可，必须办理土地使用权证，准建证，待房屋建成后再办理产权证。城市的土地属于国家，个人没有权，但是对于地上的房产却可拥有产权，房产证即是房屋产权人的产权凭证。

因此，城市房屋有土地使用权证、房产证，分别在国土部门(土管)、房管局办理登记;农村居民房屋，仅有宅基地使用证，在国土资源管理局办理，一般是经过村、乡两级向县级政府土地管理部门办理，没有房屋产权证。