1、土地性质不同：商业公寓是商业用地，土地使用年限一般为40年或50年。住宅公寓是住宅用地，土地使用年限为70年。

2、税费不同：商业公寓交纳的税费比住宅公寓要高，另外如果交易二手商业公寓，个税和增值税都不能享受住宅的减免政策。

3、贷款利率和首付不同：银行对于商业地产的贷款首付以及利率都较高，且无法使用公积金，且贷款年限只有十年。而住宅公寓贷款首付及利率都要低很多，且贷款年限最长可达30年。

4、生活费用不同：商业公寓的生活用电、用水、物业费都是按照商业用途收取的，比住宅房高出很多。而住宅公寓按照民用收费标准计算，价格低很多。

5、居住环境不同：商业公寓居住密度比较大，日照通风条件相对恶劣，楼下几乎没有公共活动区域和绿化景观可享。住宅公寓则与普通住宅一样，居住环境舒适性更高。

商业公寓的缺点

1、土地使用年限短：商业性质的公寓，土地使用性质上大多属于“商场”、写字楼或酒店性质。相比住宅性质用地使用年限有70年，这类商用公寓因类别不同，所以土地使用年限仅为40至50年不等。如果续期申请不通过，你的土地产权就被收回。房子也不是你的了。

2、水电费用高：公寓是按照商业水电费的标准来收取的，如果住宅物业的用水加污水处理费收费标准为2元/立方米，商业物业用水的收费标准就会达到为4元/立方米;住宅的用电收费标准为0.5元/度，公寓的用电收费标准就可能会是1元/度。

3、不通气：为了安全考虑，公寓房一般都是不通气的，炒菜只能用电磁炉之类的。且厨房一般为开放式，容易有油烟味;另外存在暗卫的可能，居主长久就会受到异味的困恼。

4、购房首付高，转让手续费贵相对于70年的普通住宅，公寓在转手卖出时要缴纳很多费用，这些费用加起来约占房款的10-20%。另外，一般公寓类的房子都要求高首付， 一般为50%。

5、户型面积小：公寓房子户型一般都很小。大概50-70平米。整体结构不平整，视觉上有压迫感。而且只适合单身和新婚夫妇居住。

6、就学问题：当你决定在一个城市里买房的话，那么在很大概率上都是要在这个城市里落地生根了，但是公寓房存在一个致命的问题，那就是：无法入户。因此，如果以后你有了孩子，那么就学问题就很难解决了，因为购买公寓房是不能迁入户口的。