1、独立房产证是单户发证，可以是公房，也可以是私房。集体房产证是整栋发证，是集体产权。

2、独立房产证拥有单独产权，可以上市交易。集体房产证产权归单位，个人只有使用权，不能上市交易。

3、拥有独立房产证房子是可以交易过户的，集体证的房子是集体的不能交易过户。

4、集体房产证是临时的证明，甚至缺乏法律依据。只有拥有个人独立房产证，才能证明房子是你的，而不只是拥有使用权。

集体产权房子的缺点

1、属于违法，不受法律保护。集体产权房屋对外出售本身就是一种违法行为，一旦产生纠纷，法律是不予保护支持的。

2、出现纠纷购房者境地尴尬。如果因面临房屋拆迁、继承等各种因素，村民开始对自己的出售行为感到后悔，鉴于集体产权的对外销售本身就是一种违法行为，出卖人完全有权利也有可能重新要回自己的房子。

3、不能享有房屋的产权。购买了这类房屋，并不能享有房屋的产权，而是居住使用权。而通常的商品房，购买者享受的是完全独立产权，有自己的房屋产权证。

4、拆迁补偿不归购房者。目前我国尚无对拆迁农村房屋而给予承租人(使用人)补偿的相关法律规定，其补偿对象均为农村土地或地上附着物的人。

5、不能用于抵押和贷款。贷款和抵押的是要登记的，而登记唯一凭证就是房产证，目前农村房既无房产证也不进行登记。

6、房屋质量存在安全隐患。房子开发首先必须是具有开发资质的房地产开发企业。而集体产权房很多是由土地所在村自行开发的，根本没有资质，在质量、信誉方面都没有保障。