1、农村居民未经或者骗取批准非法占用农村土地新修建的房屋；此类房屋，根据《土地管理法》第七十七条规定，将拆除非法占用土地上新建的房屋。

2、房屋的宅基地面积超过省，自治区，直辖市规定的标准建，此类房屋仅确权合理登记范围的宅基地面积，多余的宅基地原则上交予农民朋友继续使用，待房屋翻新、重建时将收回多余宅基地。

3、买卖或者以其他形式非法转让宅基地上修建的房屋，《土地管理法》第二条和第七十三条就明确规定：禁止买卖或者非法转让农村土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的将拆除土地上的建筑设施。

4、擅自在耕地以及基本农田保护区修建的住宅，目前国家正在大力保护农村的耕地，想要在耕地上修建房屋，必须要获得农用地转为建设用地的审批手续，而且国家明令禁止基本农田保护区修建房屋，所以此种情况其房屋也不能够确权登记。

农村房屋确权的注意事项

1、房屋的矛盾一般都是由侵权引起的，房屋在分配的时候就已经完成了确权行为，村里都会有原始记录。如果有争执的话，可以调取房屋原始记录查看，关于谁侵权就一目了然了，因此不需要再次确权了。

2、农村的房屋一般都是大家统一申请确权，政府和法院不会单独受理某个村民的房屋确权。在分房屋的时候确权已经由土地管理部门按户确权清楚了，并且会做好相关登记，所以原则上，法院和政府都不会再受理单独的确权申请。

3、一般的房屋只要交易双方自己同意就可以，但是农村的房屋不一样，不仅要双方同意，还要经过村委的同意才能交易，此外农村房屋交易之前要明确房屋确权。经过村委同意后，就可以开具相关证明，然后才能办理过户等手续。