1、商业用房交易查档费：收费标准为10元/件。由于商铺不能落户，故查档费以件来收取。

2、商业用房交易买卖公证费：买卖公证费的是公证书上成交价的3‰。

3、商业用房交易契税：商铺的契税为成交价的3%。

如何缴纳税费

1、双方签订《超市商铺转让协议》及《房屋租赁合同》，从而约定双方具体的权利与义务。

2、转让方有义务协助接手方进行过户变更手续，因此接手方要及时凭签订合同及其他所需证件到工商部门办理好更名登记手续，以确定经营的合法性。

3、办理税费缴纳和过户手续。

商业二手房税费

(一)买家支付

1、房地产交易手续费：5元/平方米为普通住宅，非普通住宅为11元/平方米。

2、房屋登记费：550元/本(每增加一本证书按每本10元收取工本费)。

3、权证印花税：5元/本。

4、印花税：0.05%。

5、契税：交易价(或评估价)×3%。

(二)卖家支付

1、卖家出售的时候，商铺不论年限，都要交纳以下几种税费：房地产交易手续费3元/平方米。

2、印花税：房屋产价的0.05%。

3、土地税：可提供上手购房的，土地税=[转让收入-上手价(每年加计5%)-有关税金]×适用税率。不能提供上手购房的，土地税=(转让收入-转让收入×90%)×30%。

4、个人所得税：据实征收为(转让收入-房产原值-合理费用)×20%，核定征收为转让收入×7.5%×20%。

转让收入-房产原值-合理费用相当于个人净收入。

5、营业税及附加税：可提供上手购房的，为(转让收入-上手价)×5.5%。不能提供上手的，为转让收入×5.5%;税费为差额的5.56%。

6、土地出让金：商业用途用房，按其网格点基准地价的35%计收;商业路线价区段路的商业临街宗地，加收路线价的10%;用途用房按其网格点基准地价的30%计收。

7、土地出让金契税：按本次征收土地出让金价款的3%征收。