1、物业、水电、公共维修基金等费用较高。由于商住两用房的水电价格实行商业用标准，较之一般生活用标准要相对较高、物业收费也较少受到政府部门的限制、公共维修基金也与商户就共有所有权部分的维修进行平摊。

2、产权40年或者50年。一般住宅的所有权为70年，在到期后可以自动续期，而商住两用房、产权40年或者50年，在到期后不是自动续期，并且要补交。

3、商住两用房无法迁入户口，这就意味着即使周边区域内有好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学。

4、没有完备的生活配套服务设施。商业项目一般不强制性要求设计配套服务设施，例如学校、商业、居委会等，也就是说没有配套的幼儿园、学校，也没有配套的医疗、养老服务等。这样就会给购买后的日常生活带来诸多不便。

5、按揭贷款实行标准。商住两用房首付50%，为普通住宅的1.1倍，最多为10年，并且不能用。

6、购买时不实行税费优惠的政策。普通住宅购房时有许多优惠的税费政策，但购买商住两用房时没有相应的税费优惠政策。

商住两用房与普通住宅有什么不同

1、商住两用房的优势：商住两用房可以注册公司，可居住可办公、不限购、不算首套房、环境好、鼓励年轻人创业，适应城市发展趋势。

2、落户和学位：商住两用房不能户口落户、没有学区派位。

3、产权：住宅楼的使用年限是70年，而商住两用房只有40年，最多50年。

4、未来使用费用不确定：商住两用房如按公建用途规定，水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。

5、贷款条件的限制：购买商住两用房大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭。

6、交易税收不同：如果是140平方米以下普通住宅楼只需交1.5%的契税(2008年11月1日后对个人第一次购买90平方米以下普通住房的，契税税率暂调整为1%)，但如果是商务办公房就要交3%的契税再加上5%的综合税，交易增值部分还要交20%的增值税、按揭贷款比例、年限。目前住宅按揭贷款高可达8成30年，但对商务办公房一般高只有6成10年。